출연연의 장애인 의무고용달성률이 2017년 52%에 불과한 것으로 드러났다. 2013년에는 장애인 고용인원이 321명, 장애인 의무고용 달성률이 73%에 달했으나, 2017년에는 고용인원이 293명으로 줄어들고, 장애인 의무고용 달성률은 52%로 줄어들었다.
 
국회 과학기술정보방송통신위원회 이상민 의원(더불어민주당, 대전유성을)이 받은 국정감사 자료에 따르면, 장애인 의무고용률을 달성하지 못해 각 출연연이 부담한 법정부담금은 지난 5년간 96억 56백만원에 달하는 것으로 조사됐다.
  
출연연별로 살펴보면 안전성 연구소는 장애인 고용달성률이 17%였고, 국보연 19%, 그뒤를 이어 생기원, 재료연, 항우연이 29%에 그뒤를 이었다. 특히 GTC는 1명만 고용하면 되는데도 고용하지 못한 것으로 나타났다.
 
장애인 고용 부담을 가장 많이 부담하고 있는 곳은 ETRI로 3억1천만원을 부담하는 것으로 조사됐고, 생기원 2억5천만원, 항우연 2억 37백만원, 원자력연 2억1천만원으로 그 뒤를 이었다.